Archaebakterien werden wissenschaftlich in die Domäne Archaeen eingeordnet. Der Begriff "Archaebakterien" wurde in den späten 1970er Jahren verwendet, um eine neu anerkannte dritte Domäne des Lebens zu beschreiben, die aus bestimmten einzelligen Mikroorganismen besteht. Da sich diese Organismen völlig von Bakterien unterscheiden, haben Wissenschaftler diese Domäne später in Archaea umbenannt.
Viele der archaischen Mikroorganismen leben in rauen Umgebungen. Thermophile leben in extremer Hitze, wie zum Beispiel in den heißen Quellen des Yellowstone-Nationalparks, einem der ersten Orte, an denen Archaea entdeckt wurden. Halophile gedeihen in stark salzhaltigen Gewässern, während Methanogene trotz des von ihnen produzierten Methans überleben.
Archaea leben nicht ausschließlich unter extremen Bedingungen. Sie können im offenen Meer unter Plankton gefunden werden.