Bakterien und Protozoen sind sehr entfernt verwandt, wobei Bakterien als Prokaryoten und Protisten als Eukaryoten klassifiziert werden. Dies bedeutet, dass Protozoen näher mit dem Menschen verwandt sind als mit Bakterien. Die beiden Organismen sind strukturell verschieden. Bakterienzellen haben keinen Zellkern und Protozoen enthalten Organellen wie Mitochondrien.
Bakterien sind im Allgemeinen kleiner als Protozoen, die sich häufig von Bakterien ernähren. Alle Protozoen "fressen", indem sie ihre Beute in kleine Taschen, Vakuolen genannt, einhüllen, während Bakterien Nährstoffe durch ihre Zellwände aufnehmen können. Bakterien vermehren sich fast immer durch einfache binäre Spaltung. Während einige Protozoen diese Methode ebenfalls anwenden, teilen sich einige in mehr als zwei Nachkommen auf und einige vermehren sich sexuell.
