Pilze sind vielzellige, eukaryotische Organismen, während Bakterien einzellige Prokaryonten sind. Die Zellen von Pilzen haben Kerne, die die Chromosomen und andere Organellen wie Mitochondrien und Ribosomen enthalten. Bakterien sind viel kleiner als Pilze, haben keine Kerne oder andere Organellen und können sich nicht sexuell vermehren.
Alle Eukaryoten, einschließlich Pflanzen, Tiere und Pilze, haben Zellen mit Kernen und eine große Auswahl an komplexen Organellen, die verschiedene biologische Funktionen erfüllen. Pilze haben Zellwände und vermehren sich sowohl sexuell als auch ungeschlechtlich durch die Verwendung von Sporen. Sie können keine Photosynthese betreiben und müssen Nährstoffe aufnehmen, indem sie organisches Material abbauen. Viele Pilzarten spielen eine wichtige Rolle in Ökosystemen, indem sie abgestorbene Pflanzen und Tiere zersetzen. Wissenschaftler schätzen, dass es auf der Erde mehr als 2 Millionen Pilzarten gibt.
Bakterien sind neben den Archaeen eine der beiden Hauptarten von Prokaryoten. Im Gegensatz zu Pilzen enthalten ihre Zellen keine Kerne. Stattdessen befindet sich ihre DNA auf einem kreisförmigen Chromosom, das im Zytoplasma herumschwebt. Bakterien vermehren sich im Allgemeinen durch Spaltung und produzieren zwei identische Tochterzellen. Bakterien können sich zwar zu komplizierten Strukturen, sogenannten Biofilmen, zusammenschließen, sind aber keine echten Vielzeller. Stattdessen bleibt jedes einzelne Bakterium ein eigener Organismus.