Der Ausdruck "multiple Allele" in der Biologie bezieht sich auf eine Reihe mit mindestens drei allelischen oder alternativen Formen eines bestimmten Gens, von denen nur zwei in einem diploiden Individuum existieren können. Es gibt zwei Allele in einem Individuum vorhanden: ein väterliches und ein mütterliches Allel.
Gregor Mendel, der Vater der Genetik, schlug vor, dass für jedes Gen nur zwei Allele existieren, wobei die dominante Form ihren Phänotyp innerhalb eines Heterozygoten exprimiert. Es ist jedoch möglich, dass innerhalb einer Population mehr als zwei verschiedene Allele existieren. Die Verwendung des Begriffs "multiple Allele" ist gelegentlich verwirrend. Dies deutet nicht darauf hin, dass ein bestimmtes Gen drei oder mehr Allele hat. Kein Individuum hat die Kapazität für mehr als zwei Allele, ein väterliches und ein mütterliches, selbst wenn mehr Allele ein Teil der Population sind.
Ein Beispiel für ein Gen mit mehreren Allelen ist die C-Serie des Hundes. Das Gen "C" bezieht sich auf einen Hund mit der exprimierten Farbreihe. "c" ist ein Albino mit blassen Nase und Augen. "cb" bezieht sich auf einen grauen, blassen Hund, während sich "cd" auf einen dunkeläugigen weißen Hund bezieht. "c-ch" wäre ein Hund mit einem Chinchilla-Muster. Das C-Allel (die ausgedrückte Farbreihe) ist dominant gegenüber allen anderen Allelen, während "c-ch" gegenüber allen anderen ("cd", "cb" und "c") dominant ist. Das Albino-Gen ist gegenüber allen anderen rezessiv.