Die Föderalisten lehnten den Krieg von 1812 ab, weil die Politik der gegnerischen Partei, die den Krieg erklärte, unter der Führung von Thomas Jefferson und später unter der Führung von James Madison, die föderalistische Hochburg Neuengland an den Rand der Armut brachte. Das Embargo von Thomas Jefferson gegen die amerikanische Schifffahrt, anstatt US-Schiffe und Seeleute zu schützen, führte zu massiver Arbeitslosigkeit, zur Schließung von Banken und zu einem virtuellen Stillstand des Handels.
James Madisons Demokratisch-Republikaner erklärten England nicht nur den Krieg, um das Schifffahrtsproblem zu lindern, sondern auch um den westlichen Staaten und Territorien die Möglichkeit zu geben, Land von Kanada zu beschlagnahmen. Selbst nachdem die Kriegserklärung den Kongress mit knapper Mehrheit verabschiedet hatte, lehnten die föderalistischen Staaten sie weiterhin ab und verweigerten staatlichen Milizen die Teilnahme an den Kriegsanstrengungen. Sie beschuldigten Madison der Korruption und der Absicht, mit Napoleon Bonaparte ein Bündnis eingehen zu wollen. Die Demokraten-Republikaner hingegen warfen den Föderalisten vor, die Nation spalten und sich wieder mit England verbünden zu wollen. Einige Gouverneure von Neuengland verurteilten offen die Kriegsanstrengungen.
Im Dezember 1814 versammelten sich Delegierte aus einer Reihe von Neuenglandstaaten auf der Hartford Convention, um Lösungen für das spaltende Dilemma zu diskutieren. Als jedoch Vertreter des Konvents mit einer Liste vorgeschlagener Verfassungsänderungen in Washington D.C. eintrafen, war ein Friedensvertrag mit Großbritannien unterzeichnet und der Krieg vorbei. Danach lehnte die Föderalistische Partei ab und verschwand schließlich.
