Mäuse haben Knochen, weil sie Säugetiere sind, was bedeutet, dass sie Wirbeltiere oder Tiere mit Rückgrat und Skelettsystemen sind. Mäuse gehören zur größten Ordnung der Säugetiere, Nagetiere oder Nagetiere, zu denen Ratten und Meerschweinchen gehören Schweine, Präriehunde, Eichhörnchen, Biber und Stachelschweine.
Nagetiere zeichnen sich durch Schneidezähne oder scharfe Zähne an ihrem Unter- und Oberkiefer aus. Die Schneidezähne von Nagetieren wachsen ständig, und das Dentin an den Schneidezähnen muss durch Nagen abgetragen werden, damit die Schneidezähne nicht so lang werden, dass sie den Schädel durchbohren. Mäuse sind Mitglieder einer taxonomischen Hierarchie von Nagetieren, die als mausähnliche Nagetiere oder Myomorpha bezeichnet werden. Zu dieser Gruppe gehören Hausmäuse, Siebenschläfer, Taschenmäuse, Springmäuse, Ratten und Taschenhörnchen. Mäuseähnliche Nagetiere haben spezielle Kiefer- und Molarenstrukturen, die ihnen starke Nagefähigkeiten verleihen. Mausähnliche Nagetiere werden weiter in taxonomische Gruppen unterteilt, von denen Mäuse Mitglieder der Gruppe sind, die Muridae genannt werden, zu der auch Ratten, Lemminge, Wühlmäuse, Hamster und Rennmäuse gehören.
Mäuse sind kleine Säugetiere mit schlanken Körpern, spitz zulaufenden Schnauzen, auffälligen Ohren, scharfen Krallen und langen Schwänzen. Die kleinste Art, die Zwergmaus, wiegt ein Zehntel bis eine halbe Unze, während die größte, die Flachhaarmaus Indiens, etwas mehr als eine halbe Unze wiegt. Die Fellstruktur variiert von kurz und weich bis lang und stachelig. Die Farben können Weiß, Grau, Braun, Rotbraun, Schwarz oder eine Kombination davon sein.