Die spanische Expedition, der sich Balboa nach Südamerika anschloss, bestand aus zwei Schiffen, der Santa Maria und der San Anton. Balboa unternahm weitere Expeditionen, aber die Namen der Schiffe sind ungewiss.
Die spanische Expedition Balboa schloss sich 1501 an und sammelte Schätze, aber die beiden Schiffe wurden 1503 aufgrund der zuvor durch Teredowürmer verursachten Schäden versenkt. Die Schiffe waren zu beschädigt und konnten den Sturm nicht überleben, so dass sie sanken und ein Teil des gesammelten Schatzes ging verloren. Während einer späteren Expedition segelte Balboa auf einem Boot namens Rolling Wind, aber das Jahr dieser Expedition ist ungewiss.