Das meiste ATP für die aerobe Atmung wird während des Krebszyklus, auch Zitronensäurezyklus genannt, produziert, der Pyruvat, das Endprodukt der Glykolyse, abbaut, um ATP zu produzieren. Dieser Prozess wird dupliziert zweimal, damit es doppelt so viel ATP produzieren kann wie die Zyklen davor.
Die Glykolyse produziert im ersten Zyklus zwischen sechs und acht ATP, die auch das Pyruvat produziert, das in Acetyl-COA umgewandelt wird. Diese COA werden zu weiteren sechs ATP verarbeitet, bevor die Reste des COA im Zitronensäurezyklus verarbeitet werden. Der Zyklus produziert sechs NADH, zwei FADH2 und zwei ATP. Der NADH produziert selbst 18 ATP, dann produziert der FADH2 weitere vier, um mit den anderen beiden ATP, die in diesem Zyklus produziert werden, zu gehen.
