Bei Tieren wie dem Menschen sind die Abfallprodukte der aeroben Atmung Wasser und Kohlendioxid, und das Abfallprodukt der anaeroben Atmung ist Milchsäure. Die aerobe Atmung ist eine Reihe von Reaktionen, die Sauerstoff sehen verbraucht wird, um Energie aus Glukose freizusetzen. Anaerobe Atmung tritt auf, wenn in den Zellen ein Sauerstoffmangel vorliegt.
Aerobische Atmung findet hauptsächlich in den Mitochondrien in eukaryotischen Zellen statt und die in diesen Zellen gefundene Energie liegt in Form von Adenosintriphosphat (ATP) vor. Die Atmung ist im Wesentlichen ein Produktionsprozess für ATP. Während des Prozesses durchläuft Glukose die Glykolyse, die Pyruvat und ATP erzeugt. Wenn Sauerstoff verfügbar ist, wird dieses Pyruvat mit Sauerstoff angereichert, wodurch Acetyl-CoA entsteht und in das Mitochondrium transportiert wird, wo mehr ATP produziert wird und sowohl Wasser als auch Kohlendioxid zugeführt werden. Sowohl das Wasser als auch das Kohlendioxid verbinden sich zu Karbolsäure, die dazu beiträgt, den pH-Wert des Blutes aufrechtzuerhalten.
Wenn dem Pyruvat nach der Glykolyse kein Sauerstoff zur Verfügung steht, tritt das Pyruvat in einen Fermentationsprozess ein. Dies wird als anaerobe Atmung bezeichnet und wird verwendet, wenn Muskelzellen ihre Sauerstoffversorgung erschöpft haben. Bei der aeroben Atmung können bis zu 38 ATP produziert werden; bei der anaeroben Atmung werden jedoch nur zwei produziert. Wenn wieder Sauerstoff zur Verfügung steht, bildet sich NAD+ in der Zelle mit dem Wasserstoff in Milchsäure zu mehr ATP.