Embryonale Stammzellen stammen von Embryonen, die für die In-vitro-Fertilisation erzeugt wurden. Für das Verfahren erzeugen Ärzte eine Reihe von befruchteten Embryonen, die ihre Entwicklung 4 oder 5 Tage nach der Befruchtung im Blastozystenstadium stoppen. Nach erfolgreicher Befruchtung können Familien diese zusätzlichen Embryonen für die Stammzellernte spenden. Der Prozess zerstört die Blastozysten, während die undifferenzierten Stammzellen geerntet werden. Diese werden nur von Embryonen gesammelt, die sonst weggeworfen würden.
Die Kontroverse über die Verwendung embryonaler Stammzellen hat dazu geführt, dass einige Länder Gesetze erlassen haben, die ihre Verwendung in Medizin und Wissenschaft verbieten oder einschränken. Um dieses Problem zu vermeiden, haben Wissenschaftler Techniken entwickelt, um andere Zellen dazu zu bringen, sich wie undifferenzierte Stammzellen zu verhalten. Diese induzierten pluripotenten Stammzellen sind nicht so vielseitig wie echte embryonale Stammzellen, bieten aber andere Vorteile. Mit dieser Methode könnten beispielsweise Stammzellen direkt von einem Patienten gewonnen werden, ohne dass überhaupt Spendermaterial benötigt wird.
Embryonale Stammzellen bieten aufgrund ihrer Fähigkeit, sich in jede vom Körper benötigte Zelle zu verwandeln, ein erhebliches medizinisches Potenzial. Stammzellen haben gezeigt, dass sie geschädigte Organe ersetzen, neue Inseln in der Bauchspeicheldrüse für Diabetespatienten erzeugen oder neue Knochenmarkzellen zur Behandlung von Leukämie bilden können. Sie können auch Nerven regenerieren, die der Körper normalerweise nicht reparieren kann.