Das Leben auf der Mayflower war unangenehm und schwierig, da die 66-tägige Reise von starken Atlantikstürmen und Konflikten zwischen den Passagieren geprägt war. Viele der protestantischen Pilger verärgerten die Besatzung und andere Passagiere, indem sie versuchten anderen ihre Religion aufzwingen, was zu Streitigkeiten an Bord des Schiffes führte. Seekrankheit, Skorbut und andere Meereskrankheiten waren weit verbreitet.
Die raue Atlantiksee in der zweiten Hälfte der Reise der Mayflower forderte Besatzung und Passagiere besonders stark. Da diejenigen, die sich an Deck wagten, bei schlechtem Wetter Gefahr liefen, über Bord geworfen zu werden, blieben die meisten Passagiere die meiste Zeit der Reise unter Deck. Familien stellten in den beengten Räumen Sichttrennwände auf, aber die niedrigen Decken und die dunkle, feuchte Umgebung machten die Wohnsituation sehr unangenehm.
Die protestantischen Pilger waren auf der Mayflower eine Minderheit und zählten nur 41 der 102 Passagiere. Zu Beginn der Reise versuchten die Pilger, ihren Schiffskameraden, die sie aufgrund ihres Widerstands mit Argwohn betrachteten, ihren religiösen Glauben aufzuzwingen. Schließlich erkannten die beiden Gruppen, dass die Zusammenarbeit der einzige Weg war, die Reise zu überleben und in der neuen Welt zu gedeihen, und sie unterzeichneten den Mayflower Compact, um eine zivile Organisation zu gründen. Das Abkommen wurde zu einem der Vorläufer der modernen demokratischen Herrschaft und diente als Vorlage für die spätere Regierung in Amerika.