Archaea und Bakterien sind Prokaryoten, denen Zellkerne und membrangebundene Organellen fehlen, während Protisten Eukaryoten sind, die beide dieser Eigenschaften besitzen. Archaeen und Bakterien sind immer einzellig, während eine kleine Anzahl von Protisten sind vielzellige Organismen.
Archaea und Bakterien speichern ihre DNA beide in Ringen, die als Plasmide bezeichnet werden, und beide sind von Zellwänden umgeben. Protisten speichern ihre DNA in einem definierten Zellkern. Einige Protistengruppen, wie zum Beispiel Algen, besitzen Zellwände; andere Gruppen, wie die tierähnlichen Protozoen, haben keine Zellwände.
Während alle Archaeen und Bakterien einzellige Organismen sind, sind einige Protisten vielzellige Organismen. Zu den mehrzelligen Protisten gehören Seetang und andere große Braunalgenarten; alle anderen Arten von Protisten sind einzellig. Alle drei Gruppen umfassen verschiedene Arten, die auf unterschiedliche Weise Energie gewinnen: durch Photosynthese, durch den Konsum von Chemikalien und durch den Konsum anderer Organismen.
Die meisten Archaeen verbrauchen Chemikalien, aber einige Arten können bei Bedarf auf Photosynthese umschalten. Alle Algenarten beziehen ihre Energie durch Photosynthese, aber tierische und pilzähnliche Protisten verbrauchen andere Organismen als Nahrung. Bakterien sind in allen drei Gruppen vertreten und haben ein vielfältigeres Habitatspektrum als Archaeen oder Protisten. Archaea haben den kleinsten Lebensraum der drei Gruppen und leben in extremen Umgebungen, die kein anderes Leben unterstützen können.
