Natriummetabisulfit wird als Lebensmittelkonservierungsmittel, medizinisches Antioxidans und Desinfektionsmittel für Brau- und Weinherstellungsgeräte verwendet. Es verhindert das Bakterienwachstum auf Geräten und in fermentierten alkoholischen Getränken und verlängert die Haltbarkeit von Lokalanästhetika und injizierbare Hormone, indem sie ihre Oxidation verhindern.
Für die Weinherstellung und das Brauen wird Natriummetabisulfit als Campden-Tabletten verkauft. Diese Tabletten töten Bakterien und wilde Hefen ab, die bei der Herstellung von Wein, Apfelwein und Bier wachsen. Sie entfernen auch Chlor aus dem Wasser, sodass chemisch behandeltes Stadtwasser zum Brauen verwendet werden kann.
Natriummetabisulfit hat bei normalen Nahrungsmitteldosen bei Menschen, die nicht gegen seine chemischen Bestandteile allergisch sind, keine nachteiligen Wirkungen. Personen, die auf Sulfite allergisch sind, sollten Natriummetabisulfit wegen der Möglichkeit einer Reaktion vermeiden. Die Exposition gegenüber großen Mengen an Natriummetabisulfit, beispielsweise in einer industriellen Umgebung, kann zu leichten Hautreizungen oder Verdauungsstörungen führen.
In Verbindung mit Wasser bildet Natriummetabisulfit Schwefeldioxid, ein unangenehm riechendes Gas, auf das manche Menschen eine negative Reaktion haben. Aus diesem Grund wurde Natriummetabisulfit in einigen Desinfektionsanwendungen durch Wasserstoffperoxid ersetzt. Natriummetabisulfit bildet auch Schwefeldioxid, wenn es mit starken Säuren kombiniert oder auf hohe Temperaturen erhitzt wird.
