Der Hauptunterschied zwischen dem lysogenen und dem lytischen Zyklus ist das Ergebnis der Bakterien. Im lysogenen Zyklus bleiben die Bakterien erhalten und vermehren sich normal. Im lytischen Zyklus werden die Bakterien durch einen chemischen Prozess, der als Lyse bekannt ist, zerlegt und zerstört.
Der lysogene und der lytische Zyklus sind die beiden Lebenszyklen, die für die Replikation durch eine bestimmte Gruppe von Viren, die als Bakteriophagen bekannt sind, verwendet werden. Bakteriophagen sind Viren, die nur Bakterien angreifen und infizieren und entweder gemäßigt oder virulent sein können, die für die bakteriellen Wirte nicht-tödlich bzw. tödlich sind. Temperierte Viren folgen dem lysogenen Zyklus zur Reproduktion, während virulente Zyklen dem lytischen Zyklus folgen.
Im lytischen Zyklus injiziert der Bakteriophage seine virale DNA oder RNA-Partikel in das Bakterium. Das Viruspartikel kann sich an ein bakterielles Chromosom anlagern und zu einem Prophagen werden, oder es kann direkt zur Lyse übergehen. In jedem Fall besteht der nächste Schritt im Zyklus darin, dass sich das Viruspartikel mit hoher Geschwindigkeit repliziert, bis die Ressourcen des Bakteriums aufgebraucht sind und die Zelle lysiert ist. Der lysogene Zyklus beginnt ähnlich, wobei der Bakteriophage das Bakterium infiziert und die Viruspartikel an das Bakterienchromosom anlagern. Anstatt die Zelle zu lysieren, replizieren sich die Viruspartikel jedoch, während sich die Bakterien durch Mitose replizieren. Obwohl der lysogene Zyklus selbst nicht tödlich ist, kann ein lysogenes Bakterium in den lysischen Zyklus eintreten und lysieren.