Biologen, die die Beziehungen zwischen Tiergruppen untersuchen, werden als Taxonomen bezeichnet und verfügen über eine Vielzahl von Werkzeugen, um die genaue Phylogenie von Organismen zu bestimmen. Dazu gehören grobe Anatomie, Proteinähnlichkeit und direkte Gensequenzierung, wie sie in Rediscovering Biology beschrieben werden.
Eine Methode zur Klassifizierung von Organismen stammt aus den Anfängen der klassischen Taxonomie und beinhaltet einen groben anatomischen Vergleich zwischen den physischen Merkmalen von Lebewesen. Die Ähnlichkeiten zwischen ihnen können somit in einen groben Baum der wahrscheinlichen Verwandtschaft zwischen den Arten eingezeichnet werden. Laut Rediscovering Biology funktioniert diese Methode gut mit dem klassischen System, das erstmals im 18. Jahrhundert von Charles Linn entwickelt wurde.
Eine modernere Methode, die die wahren evolutionären Beziehungen zwischen Lebewesen berücksichtigt, ist als Kladismus bekannt. Diese Methode zielt darauf ab, einen echten Lebensbaum zu entwickeln, der nützlich sein kann, um die Geschichte und die Beziehungen von Organismen zu identifizieren. Dieses System beruht oft auf der direkten Analyse der groben Anatomie, wie bei der klassischen Taxonomie, sowie auf der Untersuchung des Organismus auf molekularer Ebene, um Proteine zu vergleichen. Laut Rediscovering Biology greifen Cladisten manchmal auf einen direkten, punktuellen Vergleich der Nukleotidsequenzen von Organismen zurück, um Hinweise auf ihr wahres Erbe zu erhalten.
