Seeotter schützen sich vor Raubtieren, indem sie ins Trockene fliehen, sich in Seetang verstecken oder wegschwimmen. Die Haupträuber von Seeottern sind wassergebundene Haie und Killerwale, damit Seeotter sich selbst schützen können indem du auf Land kletterst.
Obwohl sich Seeotter am häufigsten vor Meeresräubern schützen müssen, müssen sie auch auf Landraubtiere aufpassen. Kojoten und Bären sind bekannte Landraubtiere von Seeottern. Wenn die Otter vor diesen Raubtieren nicht ins Wasser entkommen können, müssen sie ihre starken Zähne als letztes Mittel einsetzen.
Seeotter brauchen nicht nur Schutz vor Raubtieren, sondern auch vor ihrer eigenen Umgebung. Ihre natürliche Neigung ist es, viel Zeit in kaltem Wasser zu verbringen. Während manche Meeressäuger eine dicke Fettschicht verwenden, um sich warm zu halten, isolieren sich Seeotter mit einer dicken Fellschicht. Jeder Quadratzentimeter der Haut eines Seeotters ist von etwa einer Million Haaren bedeckt. Dieses dichte Haar verhindert, dass Wasser die Haut erreicht und wirkt wie ein wasserdichtes Fell.
Seeotter sind auch in Wilderei und Krankheiten eingeweiht. Mitte der 1990er Jahre drohte beispielsweise eine Krankheit, die kalifornische Seeotterpopulation zu veröden. Die Wilderei um das Fell des Tieres hat auch die Seeotterpopulation stark beeinträchtigt.