Seeotter werden als vom Aussterben bedrohte Arten aufgeführt, da sie anfällig für Ölverschmutzungen durch Schiffe und Küstentankschiffe sind. Außerdem haben sie eine geringere Populationsgröße, wodurch sie vom Aussterben bedroht sind. Laut dem U.S. Fish and Wildlife Service sind Seeotter seit 1977 durch den Endangered Species Act geschützt. Sie werden auch durch den Marine Mammal Protection Act geschützt.
Laut Defenders of Wildlife, einer Wohltätigkeitsorganisation für Wildtiere, sind Seeotter vom Aussterben bedroht, da sie im 18. und 19. Jahrhundert fast ausgerottet wurden. Seeotter zählten einst zu Hunderttausenden, aber Pelzhändler jagten sie in großer Zahl und reduzierten folglich ihre Population. Der Internationale Seebärenvertrag von 1911, das Gesetz zum Schutz von Meeressäugern und das Gesetz über gefährdete Arten von 1977 trugen dazu bei, den Rückgang der Seeotterpopulation zu verhindern. Die Seeotterpopulation hat sich jedoch nur langsam erholt.
Neben Ölverschmutzungen sind Seeotter auch anderen menschlichen Bedrohungen ausgesetzt. Seeotter verfangen sich zum Beispiel manchmal in Fischernetzen und Fallen. Sie essen viele der gleichen Arten von Schalentieren, die Menschen gerne essen, wie Seeigel, Hummer und Krabben. Infolgedessen betrachten einige Fischer Seeotter als Konkurrenz und stellen Fallen, in denen sie sich verfangen und ertrinken. Diese Vorfälle treten jedoch aufgrund der verschiedenen Artenschutzgesetze seltener auf.
