Felix Dujardin leistete seinen größten Beitrag zur Zelltheorie, als er die Klassifizierung eines neuen Typs einzelliger Organismen vorschlug, den er Rhizopoden nannte. Die Rhizopoden von Felix Dujadin sind heute als Protozoen bekannt.
Felix Dujardin ist auch bekannt für seine Arbeit zur Widerlegung der Theorie von Christian Gottfried Ehrenburg, dass mikroskopische Organismen Organe mit ähnlichen Funktionen wie Wirbeltiere hätten. Beim Studium von Foraminiferen entdeckte Felix Dujardin auch eine formlose Lebensstruktur, die er Sarcode nannte, die wir heute jedoch als Protoplasma kennen. Er ist auch bekannt für seine weitreichenden Forschungen zu wirbellosen Gruppen wie Stachelhäutern, Nesseltieren und Helminthen.
