Schildkröten atmen, indem sie Sauerstoff in die Lunge aufnehmen und beim Ausatmen Kohlendioxid freisetzen. Wasserschildkröten halten länger Sauerstoff in ihren Lungen als andere Tiere, sodass sie viele Stunden lang vollständig unter Wasser bleiben können, ohne zu rennen keine Luft mehr.
Einige Schildkröten können auch ihre Analhöhlen zum Atmen verwenden. Diese Schildkröten ziehen Wasser in ihre Analhöhlen, wo Säcke das Wasser sammeln und Sauerstoff herausfiltern. Dies ermöglicht es der Schildkröte, unter Wasser zu bleiben, ohne jemals nach Luft auftauchen zu müssen. Diese Atemmethode wurde möglicherweise entwickelt, um die Schildkröte vor Raubtieren zu schützen oder als eine Form der Atemunterstützung für den Fall zu dienen, dass die Schildkröte nicht auftauchen kann.