Zu den anhaltenden Auswirkungen der spanischen Eroberung in Lateinamerika gehörten die Dezimierung der einheimischen Bevölkerung und die Unterdrückung ihrer Sprachen, Geschichten und Kulturen. Die Überlebenden wurden stark von der spanischen Sprache, Religion, Kunst und Architektur beeinflusst.
Eine der nachhaltigsten Auswirkungen der spanischen Invasion in Lateinamerika war der verheerende Verlust indigener Bevölkerungsgruppen. Einige der Hauptschuldigen waren Pocken und andere Krankheiten, gegen die die Einheimischen keine Abwehr hatten. Darüber hinaus tötete das Encomienda-System der erzwungenen Sklaverei von Einheimischen viele weitere Eingeborene durch harte Arbeit und Entbehrungen.
Bestehende einheimische Führer wurden getötet oder ihrer Macht beraubt, wodurch indigene Gesellschaften ohne die sozialen Strukturen zurückgelassen wurden, von denen sie abhängig waren. Spanische Priester verboten die lokale Religion und Kultur und verbrannten geschriebene Geschichten und hinterließen ein kulturelles Vakuum. Infolgedessen wurden indigene Gesellschaften, deren Bevölkerung vor der spanischen Eroberung Millionen zählte, an den Rand gedrängt oder ausgelöscht.
In Ermangelung indigener Alternativen wurde die spanische Sprache und Kultur in Lateinamerika vorherrschend. Spanisch wurde in vielen lateinamerikanischen Ländern zur Hauptsprache. Als es zum ersten Mal eingeführt wurde, verschmolzen viele südamerikanische Ureinwohner den römischen Katholizismus mit ihren traditionellen religiösen Praktiken. Im Laufe der Zeit wurde die römisch-katholische Religion zum vorherrschenden theologischen Einfluss in Lateinamerika. Spanische Architektur bildete die Grundlage für viele Bauwerke, und die Stadtplanung basierte auf dem Grundriss eines Platzes oder Stadtplatzes inmitten einer Gemeinde.