Die südlichen Kolonien hatten viele verschiedene Religionen, waren jedoch hauptsächlich Anglikaner oder Baptisten. Die mittleren Kolonien hatten auch viele verschiedene Religionen, darunter Katholiken, Juden und Quäker.
Die ursprünglichen Gesetze der Kolonien zwangen die Menschen, eine Art Kirche zu besuchen und auch Steuern zu zahlen, die zur Finanzierung der Kirchen dienten. Später beschlossen die Kolonisten, religiös toleranter zu werden und die Kirche vom Staat zu trennen. Interessanterweise ist die Trennung von Kirche und Staat bei aller Bedeutung in keinem der Gründungsgesetze, einschließlich der Verfassung der Vereinigten Staaten, ausdrücklich verankert. Die Idee der "Trennung von Kirche und Staat" entstand erstmals, als Baptisten in Virginia religiöse Toleranz gegenüber den in der Gegend lebenden Anglikanern haben wollten.