Laut der University of California in Santa Barbara besteht der Hauptunterschied zwischen Protisten und Pilzen darin, dass Pilze zum Überleben aerobe Atmung benötigen, während Protisten in einer anaeroben Umgebung ohne Sauerstoff leben können. Noch ein Der Unterschied zwischen den beiden besteht darin, dass Protisten immer einzellig sind, aber Pilze können gelegentlich mehrzellig sein.
Protisten und Pilze sind beides Königreiche in der Organisation aller Dinge auf der Erde. Sie ähneln sich in ihrer Funktionsweise und ihrem Verhalten, haben aber auch ihre Unterschiede. Beide gehören zur Domäne der Eukaryoten, zu der auch Pflanzen und Tiere gehören.
Das Königreich der Protisten besteht aus Mitgliedern, die autotroph und heterotroph sind. Die Autotrophen sind in der Lage, ihre eigene Energie aus Quellen in ihrem Körper herzustellen, während Heterotrophe auf externe Quellen angewiesen sind, um die Energie zu bekommen, die sie zum Überleben brauchen. Kein anderes Königreich besteht aus Mitgliedern, die sowohl heterotroph als auch autotroph sind.
Pilze können nicht als autotroph oder heterotroph angesehen werden, obwohl sie näher mit den Heterotrophen verwandt sind. Mitglieder des Pilzkönigreichs konsumieren totes oder sich bildendes Material und machen sie zu Saprophyten. Sie können dieses Material nicht aus ihrem eigenen Körper bekommen, wie es Autotrophe können; vielmehr beziehen sie es von externen Quellen. Im Gegensatz zu Heterotrophen lebt das Material jedoch nicht, wenn sie die benötigte Energie daraus beziehen.