Cherokee-Indianer haben ähnliche Gesichtszüge wie andere amerikanische Indianer, darunter hohe Wangenknochen, mandelförmige Augen, schwere Augenlider, große Vorderzähne, schwere Ohrläppchen und bronzefarbene Haut. Nicht alle Cherokees besitzen diese physischen Merkmale aufgrund des frühen Kontakts mit schottischen und deutschen Bergleuten im Südosten.
Einige Cherokees können blond, blauäugig und hellhäutig sein. Cherokee-Männer sind normalerweise zwischen 5 Fuß 4 Zoll und 5 Fuß 5 Zoll groß, während Frauen normalerweise weniger als 6 Zoll kleiner sind. Interessanterweise können Cherokees einige ihrer körperlichen Merkmale von Völkern des Nahen Ostens erhalten, da ihre DNA Spurenähnlichkeiten mit der von Ägyptern, Türken, Libanesen, Hebräern und Mesopotamiern aufweist.