Obwohl es einige Unsicherheiten bezüglich der Funktion des Zäpfchens gibt, glauben Experten, dass diese kleine lappenartige Struktur im hinteren Rachenraum eine wichtige Rolle beim Sprechen und Schlucken spielt. Das Zäpfchen enthält Drüsen, die eine große Menge Speichel absondern, was die Verdauung unterstützt, den Mund feucht hält und verhindert, dass in der Luft übertragene Krankheitserreger in die Atemwege gelangen.
Das Zäpfchen ist durch einen Muskel namens Musculus Zäpfchen am Gaumen befestigt. Dieser Muskel steuert die Kontraktion und Elevation des Zäpfchens, und es wird angenommen, dass diese Bewegung eine Rolle beim Sprechen spielt. Laut Health Medicine Magazine arbeiten das Zäpfchen und der weiche Gaumen zusammen, um Darmgeräusche zu erzeugen. Bei diesen Lauten, die in der französischen und deutschen Sprache üblich sind, wird der Zungenrücken an der Stelle des Zäpfchens gegen den harten Gaumen gedrückt.
Das Zäpfchen ist auch beim Schlucken wichtig; Es verhindert, dass Nahrungsbestandteile in die Nasenhöhle gelangen. Seine starke Speichelproduktion erleichtert auch das Schlucken der Nahrung. Das Health Medicine Magazine schlägt auch vor, dass das Zäpfchen für den Würgereflex verantwortlich ist. Wenn es von etwas berührt wird, würgt oder erbricht die Person automatisch, um den anstößigen Gegenstand oder die anstößige Substanz auszustoßen.