Aufgrund seiner Verbindung mit den Mitgliedern von Katipunan wurde Jose Rizal als einer der Gründer involviert und vor einem Militärgericht wegen Volksverhetzung, Rebellion und Verschwörung angeklagt. Rizal war bereits im Mittelmeer, als er unterwegs festgenommen und zum Prozess nach Manila zurückgebracht wurde. Er wurde in allen drei Anklagepunkten für schuldig befunden. Er wurde zum Tode verurteilt und 1893 nach Dapitan verbannt.
Rizal wurde von den spanischen Behörden aus mehreren Gründen festgenommen, darunter die Gründung einer Gesellschaft, die Veröffentlichung von Büchern und Zeitungen, die rebellische und aufrührerische Ideen in der Öffentlichkeit verbreiteten, der Besitz eines Bündels von Flugblättern, die gegen die spanischen Ordnungen verstießen, und kritisierte die von der verbreitete Religion Spanier und Verbreitung von Filibusterismus auf den Philippinen.
Obwohl Rizal als Gefangener nach Dapitan geschickt wurde, war sein Aufenthalt in der Provinz eine der fruchtbarsten Phasen seiner Karriere als Arzt, Landwirt, Geschäftsmann, Ingenieur, Lehrer, Wissenschaftler und Linguist. Seine verbleibenden Tage in Dapitan nutzte er, um seine literarischen und künstlerischen Fähigkeiten zu verbessern. In Dapitan lernte Rizal Josephine Bracken, die Tochter eines pensionierten Ingenieurs aus Hongkong, kennen und heiratete sie. Die beiden hatten einen Sohn, der kurz nach der Geburt starb.