Algen und Protozoen befinden sich im selben Königreich, Protista, weil die ursprüngliche Schaffung dieses Königreichs auf der Grundlage oberflächlicher Ähnlichkeit erfolgte und diese eukaryotischen und größtenteils einzelligen Organismen einander mehr als alle ähneln andere Gruppe. Die drei Hauptgruppen von Protisten – Protozoen, Algen und Schleimpilze – sind nicht besonders eng verwandt. Hefen werden, obwohl sie einzellige Eukaryoten sind, als Pilze und nicht als Protisten klassifiziert.
Protista ist wirklich ein Königreich von Organismen, das in keines der anderen etablierten Königreiche passt. Während sein Gesamtcharakter einzelliger Organismen mit einem Kern ist, sind viele mehrzellige Arten, insbesondere Algen, darin enthalten. Schleimpilze, eine weitere nicht verwandte Gruppe, wachsen manchmal als riesige, makroskopische Einzelzellen mit Millionen von Kernen, so das Intermountain Herbarium der Utah State University. Protisten werden mehr durch das definiert, was sie nicht sind, als durch das, was sie sind, und diese Definition ist umstritten.
Die Klassifizierung von Algen ist besonders umstritten. Algen umfassen die meisten photosynthetischen Protisten, aber einige Gruppen, wie beispielsweise Dinoflagellaten, sind tatsächlich näher mit Protozoen verwandt als Algen, wie beispielsweise Seetang. Außerdem ist die Unterscheidung zwischen vielen Algenarten, insbesondere mehrzelligen Algen, und Pflanzen nicht sehr genau definiert, und einige Wissenschaftler schlagen vor, dass sie getrennt von den Protozoen gruppiert werden sollten.
