Ein natürliches Ökosystem ist ein Ökosystem, das so entsteht, als ob es ohne den Einfluss des Menschen wäre. Der Begriff „Ökosystem“ bezieht sich auf alle Pflanzen, Tiere, Pilze, Protozoen, Bakterien und andere Organismen, die im selben Gebiet leben. All diese unterschiedlichen Arten teilen ein stark miteinander verbundenes Leben und fungieren in vielerlei Hinsicht als eine Einheit.
Beispiele für natürliche Ökosysteme sind unberührte Regenwälder, Wüsten und der Meeresboden, auch bekannt als abgründige Ebene. Diese Ökosysteme haben die Hand des Menschen weitgehend vermieden, sodass sie in ihrem historisch natürlichen Zustand erhalten bleiben können. Wie alle Ökosysteme entwickeln und verändern sich diese unberührten Lebensräume jedoch im Laufe der Zeit, unabhängig davon, ob sie von Menschen bewohnt werden.
Viele Lebensräume sind weitgehend natürlich, weisen jedoch einige menschliche Fingerabdrücke auf. Zum Beispiel wurden abgelegene Wälder im Osten der Vereinigten Staaten vor etwa 100 bis 200 Jahren abgeholzt, aber sie kehren größtenteils zu ihrer primitiven, unberührten Form zurück. Viele Graslandlebensräume des Mittleren Westens wurden ähnlich zerstört und erneuert.
Einige Lebensräume wie Müllhalden oder Vororte stellen das Gegenteil eines natürlichen Lebensraums dar. Diese Arten von Lebensräumen sind nicht vom Menschen unberührt, sondern existieren nur, weil der Mensch sie geschaffen hat. Dennoch fungieren sie im ökologischen Kontext immer noch als singuläre Einheiten.