Obwohl es eine populäre Theorie gab, dass Stegosaurus zwei Gehirne gehabt haben könnte, eines in seinem Kopf und eines in Richtung seines Schwanzes oder Hinterendes, wurde diese Idee in der Paläontologie weitgehend diskreditiert. Einige Paläontologen könnten Halten Sie immer noch an dieser Theorie fest und versuchen Sie Wege zu finden, dass sie wahr sein könnte, aber im Großen und Ganzen ist dies keine akzeptierte Idee.
Wissenschaftler postulieren seit langem, dass der Stegosaurus im Verhältnis zu seiner Größe ein vergleichsweise kleines Gehirn gehabt haben muss, was die Wurzel des Mythos der zwei Gehirne sein könnte. Es gibt jedoch keine Beweise für die Idee, dass dieser Dinosaurier ein separates Gehirn hatte, um seine hintere Hälfte zu kontrollieren.