Flughunde, die eigentlich Fledermäuse sind, leben in Australien. Kleine rote Flughunde kommen in den meisten Teilen des Landes vor, mit Ausnahme der zentralen und südlichen Teile. Graue Flughunde leben im Nordosten.
Kleine Rotfledermäuse sind Baumfledermäuse, die eine Reihe australischer Lebensräume wie Sümpfe, Mangrovenwälder und Bambushaine bewohnen. Diese Flughunde bevorzugen jedoch Eukalyptusbäume. Aufgrund der Vorliebe der Fledermäuse für diese Bäume sind die Flieger weiter im Landesinneren zu finden als jede andere Fledermausart.
Gruppen von grauen Flughunden leben in oder in der Nähe australischer Regenwälder. Einige Kolonien haben bis zu einer Million Fledermäuse. Wenn die Wälder abgeholzt und der Lebensraum reduziert wird, nehmen andere Kolonien Fledermäuse auf, die umziehen müssen.