Die Benennung von Bakterien erfolgt nach dem von Carl Linné eingeführten Binomialsystem. Ein Bakterium hat einen Gattungsnamen, der die Gattung angibt, zu der es gehört, und ein Artepitheton. Epitheta kennzeichnen untergeordnete Einheiten innerhalb einer Gattung. Der Gattungsname und das Artepitheton bilden zusammen den wissenschaftlichen Namen oder den Artnamen des Bakteriums. Der Name wird aus lateinischen oder lateinisierten griechischen Wörtern gebildet.
"International Code of Nomenclature of Bacteria" ist das Buch, das die strengen internationalen Regeln für die Benennung von Bakterien enthält. Vor der Annahme eines vorgeschlagenen Namens einer Bakterienart verlangen die Regeln die Veröffentlichung einer wissenschaftlichen Arbeit über die Art und die Genehmigung der Arbeit durch ein internationales Taxonomie-Komitee. Der wissenschaftliche Name wird immer kursiv geschrieben. Die Benennung einer Bakteriengattung wird oft durch die Verwendung von Trivialnamen vereinfacht, die nicht kursiv oder mit einem großen Anfangsbuchstaben geschrieben werden. Laktobazillen, Staphylokokken, Mykobakterien, Salmonellen und Streptokokken sind einige Trivialnamen. Verwenden Sie niemals den Trivialnamen einer vollständigen Gattung, um auf eine bestimmte Bakterienart zu verweisen. Manchmal ist es wichtig, eine Bakterienart in Unterarten zu unterteilen. Ein Unterartepitheton wird verwendet, um eine Unterart einzuführen. Das Epitheton wird durch die Schrift ssp angezeigt. oder Untersp. davor.