Ein Element ist eine Beschreibung eines Atomtyps, daher repräsentiert ein einzelnes Atom ein Element, aber kein Element selbst. "Ein Atom" bezieht sich auf eine physikalische Einheit; "ein Element" bezieht sich auf eine Art von Atom.
Atome werden durch die Anzahl der Protonen definiert, die sie in ihren Kernen enthalten. Das Element Wasserstoff bezieht sich auf Atome, die ein einzelnes Proton enthalten, während Heliumatome zwei enthalten. Ein Isotop wird dadurch definiert, wie viele Neutronen sich im Kern befinden, und Moleküle werden durch die darin enthaltenen Atome beschrieben. Wasser zum Beispiel enthält ein Sauerstoffatom und zwei Wasserstoffatome, daher lautet sein wissenschaftlicher Name Dihydrogenmonoxid.