Der größte Teil der Aktivität der Elektronentransportkette findet in der mitochondrialen Innenmembran einer Zelle statt. Hier erhält die Elektronentransportkette die Proteine, die sie für eine ordnungsgemäße Funktion benötigt.
Die Elektronentransportkette ist der letzte Schritt der Zellatmung. Während dieses Schrittes werden Elektronen von FADH2 und NADH abgezogen. Sie werden dann auf Sauerstoffmoleküle übertragen, um Wasser zu produzieren. Die Elektronentransportkette beruht auf drei integralen Membranproteinkomplexen, um richtig zu funktionieren: NADH-Dehydrogenase-Komplex, Cytochrom-C-Reduktase-Komplex und Cytochrom-C-Oxidase-Komplex. Der größte Teil des während der Zellatmung produzierten ATP wird durch die Elektronentransportkette erzeugt.