Einige Bakterien produzieren und absorbieren ihre eigene Nahrung, während andere Substanzen wie lebende Organismen oder verrottendes Material durch ihre Zellwände aufnehmen müssen. Bakterien zersetzen Nahrung in einem Prozess namens Atmung, der bei einigen Stämmen von Bakterien benötigen Sauerstoff, um zu vervollständigen.
Viele Bakterienarten können eine Vielzahl von Dingen wie Milch, Fleisch, Öl und Gas fressen. Einige Bakterien leben im Verdauungstrakt von Menschen und anderen Tieren und unterstützen den Körper, indem sie Nahrung verdauen und andere schädliche Bakterien essen. Escherichia coli, besser bekannt als E. coli, ist ein Bakterium, das im menschlichen Körper lebt und überlebt, indem es Nahrung verdaut, einen Teil der Nährstoffe aufnimmt und Vitamin K freisetzt. Die schädliche Version der E. coli-Bakterien führt dazu, dass Menschen krank werden bei Einnahme.
Um zu essen, nehmen einige Bakterien Nahrung durch ihre Zellwände auf. Viele sind autotroph, was bedeutet, dass sie ihre eigene Nahrung mit Dingen wie Sonnenlicht, Wasser und Erde herstellen, ähnlich der Photosynthesemethode, die viele Pflanzen verwenden. Sie nehmen die von ihnen produzierte Nahrung auf und geben Sauerstoff an die Luft ab.
Bakterien werden auch zur Herstellung von Lebensmitteln wie Käse und Joghurt verwendet. Sie essen den Milchzucker und wandeln ihn in Milchsäure um, wobei Weichkäse mehr Bakterien enthält als Hartkäse.