Newton starb am 31. März 1727 im Alter von 85 Jahren in London, England, im Schlaf. Am Vortag erlitt Newton starke Schmerzen im Unterleib und wurde ohnmächtig Bewusstsein.
Gegen Ende seines Lebens zwangen Verdauungsprobleme Newton dazu, seine Ernährung und Mobilität drastisch umzustellen. Als Gründungsvater der modernen Physik hat Newton nie geheiratet und hatte nur wenige Freunde, sodass sich viele Sorgen um seine mentale und emotionale Stabilität machen mussten.
Isaac Newton wurde in der Westminster Abbey beigesetzt. Nach seinem Tod wurde sein Haar positiv auf Quecksilber getestet, höchstwahrscheinlich aufgrund seiner alchemistischen Aktivitäten. Es wird angenommen, dass eine Quecksilbervergiftung eine mögliche Ursache für seine Exzentrizität im späteren Leben ist.