Die Hauptunterschiede in den Merkmalen von Pflanzenzellen und tierischen Zellen sind das Vorhandensein oder Fehlen einer Zellwand, Chloroplasten und Zentriolen. Pflanzenzellen haben Zellwände und Chloroplasten, während tierischen Zellen solche Organellen fehlen ; stattdessen enthalten sie Zentriolen. Darüber hinaus sind die einzigen Pflanzenzellen, die Flagellen besitzen, Geschlechtszellen, während sie in einer Vielzahl von tierischen Zelltypen häufiger vorkommen.
Die Zellwand von Pflanzenzellen ist eine Sekundärstruktur, die der Zelle Halt bietet. Es kommt neben der Zellmembran vor, die sowohl in pflanzlichen als auch in tierischen Zellen vorkommt. Chloroplasten sind die Organellen, die die Photosynthese ermöglichen. Einige Wissenschaftler behaupten, dass Chloroplasten alte symbiotische Bakterien sind, die Pflanzenzellen schließlich eingefangen und eingebaut haben.
Tierzellen haben Strukturen, die Zentriolen genannt werden, die Pflanzenzellen fehlen. Zentriolen sind am Aufbau von Mikrotubuli während des Zellteilungsprozesses beteiligt. Pflanzen durchlaufen eine andere Mitose und benötigen keine Mikrotubuli.
Die Samenzellen von Tieren und Pflanzen weisen normalerweise Geißeln auf, die den Fortpflanzungszellen helfen, zur Eizelle zu gelangen. Nur wenige andere Pflanzenzellen haben solche Strukturen, und zum größten Teil sind Pflanzen keine mobilen Organismen.