Süsswasser- und Meeresökosysteme interagieren in Küstenökosystemen, in denen sich die beiden Umgebungen unter anderem in Mangrovensümpfen, Flussmündungen und Buchten vermischen. Die Vermischung von Süß- und Salzwasser führt zu einzigartigen ökologischen Sphären und Biodiversität, die nicht überleben unter allen Bedingungen, außer denen, die von Küstenökosystemen bereitgestellt werden.
Mangrovensümpfe entstehen dort, wo sich Salz- und Süßwasser vermischen, was das Wachstum von hoch aufragenden Mangrovenbäumen ermöglicht, die dann aufgrund des Wachstums ihrer Wurzelsysteme Wasserwege und Pools bilden. Diese einzigartigen sumpfartigen Umgebungen beherbergen Krebstiere, Fische und viele andere Tierarten, die im Zwischenraum zwischen Ökosystemen gedeihen.
Einige Tiere können sich frei zwischen Süß- und Salzwasser bewegen. Zu diesen Tieren gehören das Salzwasserkrokodil und mehrere Fischarten. So angepasst, können sie Küstenökosysteme betreten und verlassen, ohne sich Sorgen über Schäden an ihren Organen machen zu müssen, weil sie eine der gegebenen Umgebungen nicht verarbeiten können.
Küstenökosysteme reagieren sehr empfindlich auf menschliche Aktivitäten und können aufgrund ihres begrenzten Umfangs und ihrer hohen spezialisierten Vielfalt durch Umweltverschmutzung und Bootfahren schwer beschädigt werden. Viele Küstenökosysteme sind durch Schifffahrt und andere menschliche Aktivitäten in oder um ihre Grenzen gefährdet, was diese Ökosysteme zu den empfindlichsten der Welt macht.