Die Identifizierung von Kojoten beinhaltet die Beobachtung von Größe, Farbe und physischen Merkmalen sowie das Hören von Lauten. Kojoten sind kleiner als Wölfe und haben etwa die Größe eines kleinen Deutschen Schäferhundes. Sie haben lange, spitze Gesichter, schmale Schnauzen und große dreieckige Ohren. Kojoten können in der Farbe von grau bis rötlich oder hellbraun variieren. Sie haben dicke Mäntel, die sie oft größer erscheinen lassen, als sie wirklich sind.
Kojoten haben auch lange, buschige Schwänze mit einer schwarzen Spitze. Während Füchse mit gestrecktem Schwanz laufen, bewegen sich Kojoten mit nach unten gerichtetem Schwanz. Das einzige Mal, dass ein Kojote seinen Schwanz horizontal hält, ist, wenn er Aggression zeigt. Füchse haben einen Farbunterschied und eine Variation an ihren Beinen im Gegensatz zu Kojoten, die die gleiche Gesamtfarbe haben. Darüber hinaus haben Kojoten charakteristische gelbe Augen, die ihnen helfen, bei schwachem Licht zu sehen.
Eine andere Möglichkeit, Kojoten zu identifizieren, besteht darin, ihren Anrufen zuzuhören. Sie sind eine Reihe von schrillen Jaulen, Bellen und Heulen. Bellen kann oft ähnlich klingen wie bei einem Haushund. Kojotenspuren können auch bei der Identifizierung helfen. Die Vorderpfotenabdrücke sind größer als die Hinterpfoten, die deutlich kleinere Fußpolster haben. Kojoten haben auch Klauenspuren, die sichtbar sind, wenn der Boden weich ist.