Während des Schwarzen Todes waren die Flagellanten Gruppen von Menschen, die von Stadt zu Stadt wanderten und sich selbst und einander mit Geißeln auspeitschten. Sie glaubten, dass die Pest eine Strafe Gottes sei und dass ihr Selbst- Verstümmelung war eine Form der Sühne.
Die Ankunft des Schwarzen Todes verbreitete in ganz Europa Angst und Panik. Im Oktober 1347 legten eine Reihe genuesischer Handelsschiffe in Messina, Sizilien, an, wobei alle Besatzungsmitglieder tot waren oder starben. Diese mysteriöse Krankheit bedeckte die Haut mit großen schwarzen Furunkeln, aus denen Eiter und Blut sickerten. In den nächsten fünf Jahren breitete sich die Pest in ganz Europa aus und tötete mehr als 20 Millionen Menschen, was fast einem Drittel der Gesamtbevölkerung entsprach.
Obwohl Wissenschaftler jetzt erkennen, dass Flöhe auf Ratten einen Bazillus trugen, der den Schwarzen Tod brachte, und dass er auch von Mensch zu Mensch durch die Luft reiste, hatte niemand eine Ahnung, was die schreckliche Krankheit verursachte. Die Menschen flohen vor den Kranken und ließen sie auf der Straße sterben. Einige führten die Krankheit auf übernatürliche Ursachen zurück. Andere jedoch, wie die Flagellanten, behaupteten, es sei das Ergebnis von Sünden wie Ketzerei, Blasphemie, Hurerei, Gier und Weltlichkeit. In einer Stadt angekommen, schlugen sich die Flagellanten 33 1/2 Tage lang rituell dreimal am Tag. Wenn sie fertig waren, würden sie in die nächste Stadt ziehen und das Ritual wiederholen. Obwohl der Papst die Flagellantenbewegung zunächst tolerierte, begann er schließlich zu glauben, dass die Büßer seine Autorität an sich rissen. 1349 verurteilte er die Bewegung und sie verschwand bald darauf.
