Alle Bakterien werden als Prokaryoten klassifiziert, und häufige Beispiele sind E. coli und Streptococcus. Archaeen, die Ähnlichkeiten mit Bakterien aufweisen, sind eine weitere Domäne, die ausschließlich Prokaryonten enthält. Prokaryoten sind einzellige Organismen, denen ein Kern und membrangebundene Organellen wie Mitochondrien, Chloroplasten, ein Golgi-Apparat oder ein endoplasmatisches Retikulum fehlen.
Obwohl prokaryontischen Organismen die Organellen von Eukaryonten fehlen, können sie Membransysteme innerhalb ihrer halbstarren Zellwände haben. Die Zellwände des Prokaryoten sind entweder von einer gallertartigen Hülle oder einer Kapsel umgeben, die es dem Organismus besser ermöglicht, sich an verschiedene Oberflächen anzuheften.
Fimbrien sind haarähnliche Strukturen, die auch bei der Bindung an die Umwelt helfen. Die primitiven Organellen des Prokaryoten befinden sich zusammen im selben Körper. Dazu gehören verschiedene Proteine, DNA und Metaboliten. Das einzige gemeinsame Organell zwischen einem Eukaryonten und einem Prokaryonten ist das Ribosom, obwohl es im Fall des Prokaryonten viel kleiner ist.
Prokaryoten vermehren sich asexuell durch binäre Spaltung und beinhalten keine zelluläre Mitose. Ein genetischer Austausch kann stattfinden, aber dies ist auf den horizontalen Gentransfer zurückzuführen. Prokaryonten können trotz ihrer einzelligen Natur Gemeinschaften bilden. Diese Gemeinschaften werden von einer stabilisierenden, schleimähnlichen Polymermatrix umhüllt und zusammengehalten. Die meisten prokaryontischen Kolonien beginnen mit mehr als einem einzelnen Organismus.
