Das Encomienda-System war eine feudalistische Regierungsstruktur, in der süd- und mittelamerikanische Ureinwohner an Land gebunden waren, das von einem Encomiendero geleitet wurde. Die Eingeborenen sollten Arbeit und Tribut zur Verfügung stellen, während der Encomiendero schützen sollte sie und erziehen sie in den Facetten des Christentums. In Wirklichkeit wurden die Eingeborenen missbraucht und versklavt.
Als die Konquistadoren der spanischen Krone ein erobertes neues Land präsentierten, stellten sie auch ein Dilemma dar: wie man ein riesiges neues Territorium regiert, ohne eine rivalisierende Regierung zu bilden. Der spanische König beschloss, riesige Landbesitzungen zu errichten, die den Konquistadoren übergeben wurden, um sie zu belohnen und gleichzeitig eine dezentralisierte Regierungsstruktur zu schaffen, die in erster Linie dem König unterstand. Leider waren die Konquistadoren keine wohltätigen Landbesitzer, sondern brutale Soldaten, die sich wenig um die Ureinwohner kümmerten.
Es kam schnell zu Missbräuchen. Die Eingeborenen wurden gezwungen, auf den Feldern oder Minen von Encomienderos zu arbeiten, ungeachtet ihrer vorherigen Fähigkeiten oder sozialen Stellung. Geflohene wurden gejagt, getötet oder gefoltert. Wenn die Ernte ausblieb, wurde von den Eingeborenen erwartet, dass sie Tribut zahlen oder ungeheuerliche Strafen erwarten, die zum Tod führen können. Die Bedingungen im Bergbau waren erschreckend. Den spanischen Aufsehern war es egal, wie viele Eingeborene bei der Beschaffung von Gold und Quecksilber starben, solange sie es erhielten. Sogar Priester, die mit Encomiendas ausgestattet waren, fielen der Korruption zum Opfer, lebten oft mit einheimischen Frauen zusammen und verübten die gleiche Art von Folter wie die Konquistadoren. Nach mehreren Jahrzehnten verabschiedete der spanische König die Neuen Gesetze, was zu dem fast ebenso missbräuchlichen Repartimiento-System führte, das die ehemaligen Encomiendas direkt der Krone unterstellte.
