Transiente Mikrobiota sind Mikroorganismen, die normalerweise nicht im oder auf dem menschlichen Körper leben und sich vermehren. Obwohl diese Arten von Organismen einen Wirt besiedeln und sich kurzzeitig vermehren können, lassen die Abwehrmechanismen des menschlichen Körpers dies nicht zu sie dauerhaft werden.
Transiente Mikrobiota, die aufgenommen wurden, können leicht von der Haut abgewaschen werden. Im Gegensatz dazu kann die normale Mikrobiota beim normalen Händewaschen nicht von der Haut gereinigt werden. Die größte Gefahr, die von transienten Mikrobiota ausgeht, ist ihre Fähigkeit, in den menschlichen Körper einzudringen und Krankheiten zu verursachen. Normalerweise gelangen Mikroorganismen durch natürliche Eintrittspforte oder Hautbrüche in den menschlichen Körper.