Obwohl nicht jeder Mikroorganismus gefährlich ist, können einige Mikroorganismen bei Menschen und anderen Lebewesen Krankheiten und Infektionen verursachen. Mikroorganismen, auch Mikroben genannt, tragen auch zur Zersetzung und zum Verderben von Lebensmitteln bei und können diese verlassen giftige Abfallprodukte hinter sich, auch wenn sie aus dem kontaminierten Material entfernt werden.
In einigen Fällen können Mikroorganismen bei kleinen Populationen positive Auswirkungen haben, aber ein übermäßiges Wachstum kann Probleme verursachen. Zum Beispiel erfüllen die Bakterien, die im menschlichen Verdauungstrakt leben, wenn sie durch andere Mikroben im Körper ausgeglichen werden, einen wichtigen Zweck im Verdauungsprozess. Ein Ungleichgewicht der Nährstoffe oder ein geschwächtes Immunsystem können jedoch dazu führen, dass Bakterienpopulationen wachsen, was zu einer Darminfektion und möglicherweise zu einer gefährlichen Krankheit führt.