Einige Pilzarten produzieren schädliche Giftstoffe, die beim Verzehr zu Krankheiten oder zum Tod führen. Pilze sind auch für Hautinfektionen wie Ringelflechte und Fußpilz verantwortlich. Andere Pilze haben nach Angaben des Fungal Infection Trust luftgetragene Sporen, die Krankheiten und lebensbedrohliche Infektionen verursachen.
Formen von einzelligen Pilzen, genannt Hefen, haben die Fähigkeit, pathogen zu werden. Candida albicans, ein Hefepilz, der normalerweise im Mund, in der Speiseröhre, im Darm und in der Vagina vorkommt, verursacht Mundsoor und Vaginal- oder Darmpilzinfektionen, wenn er überwuchert. Ein anderer Hefepilz namens Cryptococcus neoformans verursacht eine gefährliche und potenziell tödliche Infektion der Gehirnmembran, die als Kryptokokkenmeningitis bezeichnet wird.
Schimmelpilze, bei denen es sich um mehrzellige Pilze handelt, verursachen Fäulnis auf Lebensmitteln und Gemüse und scheiden Mykotoxine aus, die Fehlgeburten, Geburtsfehler und Leberkrebs verursachen, wie von Health Hype angegeben. Ab 2012 vernichten Pilzkrankheiten und Infektionen jedes Jahr etwa 125 Tonnen der fünf wichtigsten Nahrungspflanzen, nämlich Reis, Weizen, Mais, Kartoffeln und Sojabohnen. Der Schaden an diesen Pflanzen kostet die globale Landwirtschaft jährlich etwa 60 Milliarden Dollar. Beschädigte Nutzpflanzen betreffen überproportional Entwicklungsländer, die stark auf diese Nutzpflanzen angewiesen sind. Neue Pilzkrankheiten bedrohen die Existenz gefährdeter Amphibien, gefährdeter Bienen, Meeresschildkröten, Fledermäuse und Korallen, berichtet Science Daily.