Zwei Hauptnachteile der Wasserkraft sind die hohen Investitionskosten und die Abhängigkeit vom Niederschlag. Wasserkraftanlagen können negative Auswirkungen auf die Umwelt haben, obwohl sie keine Umweltverschmutzung verursachen, einschließlich des Verlustes von Fischlebensräumen, der Vertreibung der lokalen Bevölkerung und der Überschwemmung des umliegenden Landes.
Ein Wasserkraftwerk benötigt ein Wasserreservoir, dessen Größe von der Größe der Wasserkraftgeneratoren und der Topographie des Landes abhängt. Die Schaffung eines Reservoirs wirkt sich negativ auf die Umgebung aus, indem Land überschwemmt wird, das stattdessen für die Landwirtschaft genutzt werden könnte. Darüber hinaus wirkt es sich schädlich auf die umliegende Tierwelt aus, da das Kraftwerk eine Änderung der Wassertemperatur und eine Veränderung der Flussströmung bewirkt. Einige Reservoirs können zu einer Ansammlung von Methan führen, das anschließend in die Atmosphäre freigesetzt wird.
Behälter wirken sich auch auf die Wasserqualität stromabwärts der Anlage aus. Das Wasser steht mehr als normal, was zu einem erhöhten Sediment- und Nährstoffgehalt führt, der das Wachstum von Algen und anderen Wasserunkräutern begünstigt. Wenn die Betreiber nicht regelmäßig genug Wasser aus dem Reservoir ablassen, kann der Wasserstand stromabwärts erheblich sinken und das Leben von Tieren und Pflanzen gefährden.
Die Nutzung von Wasserkraft birgt auch das Risiko eines Dammbruchs, der katastrophale Auswirkungen auf flussabwärts gelegene Siedlungen und Infrastruktur haben kann.
