Franziskaner gründeten die Mission San Juan Capistrano, um den spanischen Einfluss in der Region auszuweiten und indigene Völker zum Christentum zu bekehren. Als Mexiko unabhängig wurde, verkaufte der örtliche Gouverneur die Mission an eine Privatfamilie, aber nachdem Kalifornien ein Staat wurde, gab Präsident Abraham Lincoln die Mission an die katholische Kirche zurück.
Pater Fermin Lasuen versuchte 1775 zum ersten Mal, die Mission zu gründen, aber als die Priester von einem Indianeraufstand in San Diego hörten, begruben die Priester die Missionsglocken und verließen die Stätte. Pater Junipero Serra holte die Glocken zurück und gründete die Mission offiziell am 1. November 1776. Als die einheimischen Indianer, die Juaneno, beim Bau der Kirche und anderer Gebäude halfen, missionierten die Priester aktiv zu ihnen. Indianer, die sich taufen ließen, waren verpflichtet, ihren Namen und ihre sozialen Gepflogenheiten zu ändern, die spanische Sprache und die katholische Lehre zu lernen und die von den Priestern auferlegten strengen Regeln zu befolgen, einschließlich der Mission, die Mission nicht ohne Erlaubnis zu verlassen. Bis 1806 florierte die Mission und hatte über 1.000 Einwohner. Nach dieser Zeit begann die Mission zu sinken.
Im Jahr 1812 zerstörte ein Erdbeben die Steinkirche der Mission. 1845 verkaufte der mexikanische Gouverneur die Mission an seinen Schwager John Forster und nutzte sie als Ranch. Kalifornien wurde 1850 ein Staat und im Jahr 1865 unterzeichnete Lincoln ein Dokument, in dem der Besitz an die katholische Kirche abgetreten wurde. Im Laufe des 20. Jahrhunderts wurde es umfassend restauriert. Ein Museum und eine Kirche befinden sich seit 2015 auf dem Gelände und viele Besucher kommen, um die jährliche Wanderung der Capistrano-Schwalben zu sehen.
