Einige Beispiele für pathogene Bakterien sind Bacillus anthracis, Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Salmonella und Vibrio cholerae. Diese speziellen Krankheitserreger werden leicht durch Wasser übertragen und waren vor modernen Wasseraufbereitungsmethoden in der Lage schnelle Übertragungen auf ganze Bevölkerungsgruppen, die zu Hunderten von Todesfällen führten. Einer der tödlichsten Krankheitserreger ist Mycobacterium tuberculosis, der jedes Jahr weltweit rund 2 Millionen Todesfälle verursacht, die meisten davon in Afrika südlich der Sahara.
Krankheitserregende Bakterien gedeihen bei Temperaturen zwischen 68 und 104 Grad Fahrenheit, einem Bereich, der von der normalen menschlichen Körpertemperatur von 98,6 Grad abgedeckt werden kann. Wenn sich pathogene Bakterien an menschliche Wirtszellen anlagern, können sie direkten Schaden anrichten, während sie diese Zellen als Nährstoffquelle verwenden. Die Vermehrung von Bakterien innerhalb der Wirtszellen kann auch zum Platzen der Zellmembranen führen.
Eine der schädlichen Auswirkungen pathogener Bakterien kann von den von ihnen produzierten Toxinen herrühren. Bestimmte Proteine, sogenannte Exotoxine, werden im Rahmen ihrer normalen Stoffwechselprozesse produziert. Das von Clostridium botulinum produzierte Exotoxin zum Beispiel ist eines der tödlichsten bekannten Gifte. Es wurde nachgewiesen, dass eine Menge von 1 Milligramm des tödlichen Botulinum-Exotoxins ausreicht, um 1 Million Versuchstiere im Labor zu töten. Bei bestimmten Krankheiten wird der Schaden durch pathogene Bakterien nicht durch die Bakterien selbst verursacht, sondern durch die von ihnen produzierten Exotoxine.