Eine Art, in der Protisten als primitiv betrachtet werden, besteht darin, dass sie meistens einzellig sind und diejenigen, die mehrzellig sind, ihre Zellen nicht in spezialisierte Gewebe organisieren. Protisten haben sich jedoch genauso lange entwickelt wie anderes Leben auf der Erde und sind nicht unbedingt primitive Wesen.
Wissenschaftler dachten ursprünglich, dass Protisten die primitivsten lebenden Organismen seien und ihre Formen während der Milliarden von Jahren, die das Leben auf der Erde existiert, stabil geblieben seien. Es ist jetzt bekannt, dass die Ähnlichkeiten zwischen Protisten eigentlich oberflächlich sind und es sich tatsächlich um viele verschiedene Gruppen von Kreaturen handelt, die sich seit Milliarden von Jahren verändern und anpassen. Einige Protisten stammen von komplexeren Vorfahren ab. Daher ist ihre scheinbar primitive Organisation möglicherweise nicht repräsentativ für die wirklich primitiven Lebensformen.
Protisten werden nicht nach ihrer vermeintlichen Primitivität definiert, sondern nach ihrer Unfähigkeit, sie bequem in das Pflanzen-, Tier- oder Pilzreich einzuordnen. Viele Wissenschaftler erkennen die Kategorie überhaupt nicht als biologisch gültig an, weil Protisten so vielfältig sind und mehrere Ursprünge haben.