Pilze spielen eine wesentliche Rolle in Ökosystemen. Sie sind für die Zersetzung organischer Stoffe verantwortlich; Entfernen und recyceln der organischen Substanz auf dem Boden, wodurch Nährstoffe und Nahrung für Pflanzen bereitgestellt werden, so der Rainforest Conservation Fund. Darüber hinaus sind Pilze für die Stickstofffixierung im Boden verantwortlich.
In der Biosphäre spielen Pilze eine wesentliche Rolle als primäre Zersetzer und Wiederverwerter von Nährstoffen. Pilze sind in allen Lebensräumen der Erde vorhanden und spielen diese Rolle. Ohne Pilze würden Pflanzen ihre Hauptnährstoffquelle verlieren, organisches Material, das von Pilzen recycelt wird. Pilze spielen auch eine wechselseitige Rolle mit einer Vielzahl anderer Arten von Organismen.
Die Stickstofffixierung ist laut der Zeitschrift Science ein weiterer wichtiger Beitrag von Pilzen in Ökosystemen. Es hat sich gezeigt, dass die Stickstofffixierung durch Pilze als Teil einer symbiotischen Beziehung zur Biomasse von Blattschneiderameisen beiträgt.
Pilze sind dafür bekannt, wechselseitige Beziehungen mit Cyanobakterien und Grünalgen einzugehen und so Flechten zu bilden. Ähnliche wechselseitige Beziehungen werden mit einer Vielzahl unterschiedlicher Insektenarten gebildet. Die positiven Beiträge dieser Bakterien und Insekten zeigen die vorteilhafte Rolle, die Pilze in der Biosphäre spielen.
Während einige Pilze beim Menschen Krankheiten verursachen, wirken sich andere signifikant positiv auf unsere Überlebensfähigkeit aus, indem sie Nährstoffe recyceln und Pflanzennahrung aus Detritus und Erde herstellen.