Der Hauptunterschied zwischen Protisten und Moneranen besteht darin, dass Protisten eukaryontisch sind, während Monerane Prokaryonten sind. Protisten wie Amöben sind daher näher mit Menschen verwandt als mit Moneranen wie Bakterien.
Moneraner und Protisten sind beide einzellige Organismen, aber ihre Ähnlichkeiten enden größtenteils auf der Ebene der groben Anatomie. Monera ist eine Gruppe, die alle echten Bakterien umfasst, während das Königreich Protista einzellige Algen, Amöben und Paramezien enthält. Protisten haben relativ einfache äußere Membranen und ebenso einfache oder fehlende Zellwände. Moneren haben chemisch komplexe Zellwände und besitzen bis auf wenige Ausnahmen nicht die bei Protisten üblichen Flimmerhärchen, Geißeln oder Pseudopodien. Protisten haben diskrete Zellkerne, die linear ausgerichtete DNA enthalten, die in mehrere Chromosomen organisiert ist. Monerans haben keinen Kern und ihre DNA ist als einzelnes ringförmiges Chromosom angeordnet. Protisten, wie alle Eukaryoten, führen die Proteinsynthese mit Hilfe bestimmter zellulärer Komponenten durch, die Organellen genannt werden, die Monerans vollständig fehlen. Protisten können sich je nach Art und Umwelt sexuell oder ungeschlechtlich vermehren, während sich Monerans im Allgemeinen durch Doppelspaltung ungeschlechtlich fortpflanzen. Monera ist bei weitem das größte und vielfältigste Königreich des Lebens, während die Protisten eine relative Ähnlichkeit in Chemie, Anatomie und Verhalten aufweisen.
