Zu den größten Nachteilen des Walfangs gehören das potenzielle Aussterben einiger Walarten, die unsicheren Quecksilberwerte, die Walfleisch enthalten kann, und die potenzielle Schädigung von Ökosystemen, die das Entfernen von Walen verursachen kann. Beobachten ist in vielen Teilen der Welt ein lukratives Geschäft, und der Walfang könnte sich laut Nature Publishing Group auf diese Aktivität auswirken.
Ein großes Problem beim Walfang konzentriert sich auf die Auswirkungen auf die Walpopulationen. Grauwale zum Beispiel sind im Atlantik seit Hunderten von Jahren ausgestorben. Es wird auch angenommen, dass nur 4 Prozent der Gesamtpopulation von Blauwalen lebten, bevor die Ausbeutung begann.
Weniger Wale können sich auch auf das Ökosystem auswirken. Wenn ein Wal stirbt, sinkt sein Körper auf den Meeresgrund. Auf dem Meeresboden versorgt der Körper eines Wals viele verschiedene Lebewesen mit Nahrung, die normalerweise keinen Zugang zu einem so reichhaltigen Nahrungsangebot haben.
Obwohl viele Befürworter des Walfangs behaupten, dass diese Praxis Arbeitsplätze schafft und Geld in die Wirtschaft fliesst, hat sie auch das Potenzial, die Wirtschaft eines Landes zu schädigen. Es wurde geschätzt, dass der Meerestourismus im Zusammenhang mit der Walbeobachtung jedes Jahr 413 Millionen US-Dollar einbringen könnte. Darüber hinaus kann Walfleisch, das eine Einnahmequelle durch den Walfang darstellt, gefährliche Mengen an Quecksilber enthalten und zu einer Quecksilbervergiftung führen.